Amik Gölü, tarihsel süreç içerisinde doğal olaylarla şekillenen bir su kaynağıdır. Bu göl, özellikle bölgedeki sel olayları ve nehirlerin taşkınları sonucunda oluşan alüvyonlarla dolmuş, zamanla ekosistem açısından da önemli bir merkez haline gelmiştir. Coğrafi konumu ve özellikleri sayesinde, Amik Gölü, hem yerel hem de uluslararası düzeyde dikkat çeken bir doğal alan olmuştur.

Amik Gölü, son 3000 yıl içinde aralıklı sel baskınları ve Asi Nehri'nin ağzına alüvyon birikmesiyle oluşmuştur. Tortul analizlerine göre, göl, Ölü Deniz Dönüşümü'nün en kuzeyindeki Amik Ovası'nın merkezinde yer almıştır. Arap coğrafyacısı Ebu’l-Fida, gölü “tatlı suya sahip, 32 kilometre uzunluğunda ve 7 kilometre genişliğinde” bir su kütlesi olarak betimlemiştir. Amik Gölü, 1940'lardan 1970'lere kadarki dönemde, tarım alanı kazanmak, bataklık kaynaklı hastalıkları azaltmak ve taşkınları kontrol altına almak amacıyla kurutulmuştur.