Akyatan Gölü, hem yerel hem de uluslararası ölçekte önemli bir ekosistem olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu sulak alan, göçmen kuşların dinlenme ve beslenme ihtiyaçlarını karşılamasının yanı sıra, nesli tehlike altındaki türler için de kritik bir yaşam alanı sunmaktadır. Biyoçeşitlilik açısından zengin olan Akyatan, ekosistem dengesi için hayati öneme sahip birçok canlı türünü barındırır. Ayrıca, bu alanın korunması, sürdürülebilir çevre yönetimi açısından büyük bir gereklilik olarak öne çıkmaktadır.

Akyatan Lagünü'nün ekolojik önemi şu şekilde özetlenebilir:

• Göçmen kuşlar için uğrak noktası. Lagün, biri Balkanlar'dan diğeri Kafkaslar'dan gelen iki ana kuş göç yolunun kesişme noktasıdır. 1990 yılında yapılan gözlemlerde 250 kuş türü tespit edilmiştir.
• Nesli tehlike altındaki türler için yaşam alanı. Yeşil deniz kaplumbağası ve iri başlı deniz kaplumbağası gibi türler için Akdeniz'deki en önemli yuvalama alanlarından biridir.
• Biyoçeşitlilik merkezi. Zengin balıkçılık ve kuş çeşitliliği ile dikkat çeker.
• Ramsar alanı. Lagün, Ramsar Sözleşmesi kapsamında korunmaktadır.
• Mikrobiyal zenginlik. Lagün, mikrobiyal çeşitlilik açısından da büyük bir bilimsel potansiyel barındırmaktadır.

Ayrıca, tarımsal alanlardan gelen gübre ve ilaç kalıntılarının lagüne ulaşması, özellikle batı kesimlerinde su kirliliğine neden olmaktadır. Lagünün çevresindeki sulak alanların tarımsal faaliyetler nedeniyle daralması ve doğal bitki örtüsünde tahribat yaşanması da ekosistemi tehdit eden unsurlar arasındadır.