Dupnisa Mağarası, zengin doğal güzellikleriyle dikkat çekerken, içerdiği traverten oluşumlarıyla da büyüleyici bir yapıya sahiptir. Bu travertenler, yer altı sularının hareketi ve kimyasal süreçlerin etkileşimi sayesinde zamanla şekillenmiştir. Mağara içindeki bu doğal oluşumlar, hem estetik hem de jeolojik açıdan önemli bir değer taşır.

Dupnisa Mağarası'ndaki travertenler, mağaranın yakınlarında bulunan Kokarhamam Pınarı sularının mağaraya şelaleler halinde akması sonucunda oluşmuştur. Ayrıca, bu akan sular, halihazırda travertenlerin oluşumunun devamını sağlamaktadır.