Anaia Antik Kenti, tarih boyunca birçok medeniyete ev sahipliği yapmış, zengin bir kültürel mirasa sahip bir yerleşim alanıdır. Bu antik kent, prehistorik dönemlerden itibaren Hititler, Yunanlar, Bizanslılar, Selçuklular ve Osmanlılar gibi çeşitli uygarlıkların izlerini taşımaktadır. Her medeniyet, Anaia'nın tarihî dokusuna kendi katkılarını sunarak, bu bölgenin kültürel çeşitliliğini artırmış ve farklı dönemlerdeki yaşam tarzlarını yansıtmıştır.

Anaia Antik Kenti'nde yaşamış medeniyetlerden bazıları şunlardır:

• Prehistorik dönem. Kazılar, bölgedeki insan yerleşiminin yaklaşık 6000 yıl öncesine dayandığını göstermektedir.
• Hitit. MÖ 2. binyılda, Hitit-Miken ilişkileri döneminde önemli bir merkez olan Anaia'da bulunan bronz Hitit heykelciği, bu döneme ışık tutmaktadır.
• Yunan. MÖ 1050'den itibaren başlayan Hellen kolonizasyonu döneminde Protogeometrik çanak çömlek yoğunluğu dikkat çekicidir.
• Bizans. 12. yüzyılda Batı Anadolu'ya Türk akınları sırasında Komnenoslar döneminde inşa edilen kale surları, daha sonra Laskarisler döneminde yeniden inşa edilmiştir. Kale içindeki anıtsal kilise, 5. veya 6. yüzyıldan kalma olsa da, 13. yüzyılda Laskarislerin Anaia başpiskoposluğunun merkezi olmuştur.
• Selçuklu. Kadı Kalesi, Bizans döneminden sonra Selçuklu ve Osmanlı dönemlerinde de önemli bir askeri ve ticari merkez olarak kullanılmıştır.
• Osmanlı. Osmanlı dönemine ait seramikler ve madeni paralar gibi buluntular, bu dönemin izlerini detaylı bir şekilde ortaya koymaktadır.

Anaia, günümüzde "Kadı Kalesi" olarak anılan bir kale ile denizden gelecek tehlikelere karşı korunmaktaydı.